از آنجا که مجله پژوهش های اخلاقی اولین اصل خود را اصول اخلاقی پژوهش قرار داده است، این مجله از اصول Cope به صورت کامل پیروی می نماید.
اخلاق زیربنای رفتار انسان در ابعاد مختلف است تا جایی که انسان را حیوانی اخلاقی نامیده‌اند، بلکه از آن مهم‌تر نبی گرامی اسلام(ص) آیین و دستور هدایت خود را بر اساس تکمیل مکارم اخلاق اعلام فرموده است. خصوصا که خدای تبارک و تعالی در قرآن کریم پیامبر اسلام را بر ویژگی اخلاق کریم و بزرگ ستوده و معرفی نموده است.
یکی از ابعاد اخلاق، اخلاق کاربردی است که در کنار اخلاق نظری و فلسفی و اندیشه‌ای تعریف می‌شود. شاخه‌ی مهم اخلاق کاربردی،اخلاق حرفه‌ای است که مربوطه به تخصص و شغل و کار معین است و این شاخه‌ی اخلاق شاخصه‌ی مهمی در تبیین رفتار صحیح صاحب حرفه است.
از جمله زیرمجموعه‌های اخلاق حرفه‌ای اخلاق تحقیق و پژوهش است یعنی یک پژوهشگر در کنار کار حرفه‌ای تحقیقی خود باید از اصول اخلاقی خاصی بهره‌مند باشد چون کسب اطلاعات جامع، رعایت اصل بی‌طرفی در تبیین و نقد اندیشه‌های رقیب، عدم دخالت منافع شخصی و جریانی و تعصب خاص در نقد آراء دیگران و یا تایید آراء آنها، غیر مستند و بدون دلیل مطلبی را بیان نکردن، مطالب و آراء دیگران رابه خود منتصب ننمودن و اصول چندی دیگر.
در همین راستا مجله‌ی پژوهش‌های اخلاقی جهت بسط و گسترش اندیشه اخلاقی و نهادینه کردن اخلاق کاربردی و حرفه‌ای با استفاده از آراء و نظرات همه‌ی اندیشمندان راه اندازی گردید.
اصول اخلاقی این مجله را با توجه به رویکرد مجله و اهداف مجله می‌توان در موارد زیر خلاصه کرد:
۱. اصول کلی مجله پژوهش‌های اخلاقی عبارت است از یک احترام به نظر، رأی و عقیده دیگران
۲. بها دادن به اندیشه و فکر صاحب نظران
۳. نقد منصفانه دیدگاه‌های دیگران
۴. حفظ حرمت اخلاق پژوهش
۵. پاسداشت از دستاوردهای فرهنگی و دینی
۶. نوآوری و ابداع در تحقیق و پژوهش و جلوگیری جدی از انتحار علمی
7. اصالت مقاله از اصول راهبردی مجله بوده ونویسندگان در این جهت مسوولیت تام دارند
8. مجله جهت رعایت ضوابط اصالت مقاله از نرم افزارهای سمیم و مشابهت یاب استفاده میکند